Segundo comunicado postado em seu Site em 25 de abril de 2013, a Superintendência da Suframa anunciou o fim do contrato de assessoramento com a Fucapi, que se encerraria no dia 19 de maio daquele ano. A medida foi tomada em cumprimento ao Termo de Ajustamento de Conduta (TAC) firmado entre o Ministério Público e o Governo Federal. Na prática, segundo a Suframa, que imediatamente perdeu 203 colaboradores de alto nível, “a ideia era que o fim do contrato fosse casado com a convocação de aprovados no concurso público que deveremos realizar, mas isto não será possível, pois o contrato já encerra dia 19”.
Embora, há um ano, previa-se que o contrato não seria renovado, confiava-se em solução alternativa para evitar o pior. As previsões não se verificaram e a catástrofe começou a tomar corpo. A Suframa perdeu importantes colaboradores, muitos deles altamente qualificados, e a Fucapi, entregue às feras, viu-se às voltas com o início de seu inferno astral, que redundou na grave crise que hoje pode redundar em falência ou extinção.
As dívidas da Fucapi,de acordo com a 47.ª Promotoria de Justiça Especializada em Fundações e Massas Falidas, do Ministério Público do Amazonas (MP-AM) é superior a R$ 100 milhões. O endividamento inclui salários atrasados – cerca de R$ 9,6 milhões; pagamento de fornecedores, em torno de R$ 4 milhões; dívidas para com a Fazenda Nacional – R$ 18,2 milhões; FGTS – R$ 15 milhões; INSS – ao redor de R$ 47 milhões (valores ainda não corrigidos). Há ainda ações do Ministério Público Federal (MPF) e cobranças do fisco municipal. A situação se agravou com dívidas que se acumularam a partir do encerramento do contrato com a Suframa.
Especula-se que a Fundação estaria sendo vendida a um grupo privado multinacional, que se responsabilizaria pelos aportes de capital em montantes suficientes para o saneamento desse passivo oneroso. Caso não haja solução nesse sentido, o MP-AM considera a hipótese de pedir extinção ou falência da Fundação. O assunto permanece envolto em densa cortina de fumaça sem que sua presidente, economista Isa Assef, se pronuncie a respeito. Mesmo se tratando de entidade privada, a Fucapi operou por mais de 35 anos graças a contratos mantidos com a Suframa e, por breve período, com a Sudam, usando, por conseguinte, recursos públicos para cobertura de suas atividades operacionais, como despesas com pessoal e desenvolvimento de tecnologia.
Vale salientar que a gestão da Fucapi é exercida por uma diretoria, presidida por Isa Assef dos Santos, e por um Conselho Diretor, assim integrado: Antônio Carlos da Silva – presidente do Conselho e da FIEAM; Wilson Luís Buzato Périco – vice-presidente do Conselho e presidente do CIEAM; Valmir Pedro Rossi, presidente do Banco da Amazônia; Hernan Chaimovich Guralnik , presidente do CNPq, Isa Assef dos Santos, diretora-presidente da Fucapi, e mais cinco membros de notório saber: Jorge de Paula Costa, , Manoel Augusto Pinto Cardoso, Maurício Elísio Martins Loureiro, Odilon Antônio Marcuzzo do Canto e Sérgio Machado Rezende, representante da ABIPTI. O peso desses nomes, lamentavelmente, não foi suficiente para evitar a derrocada da instituição.