Entre as possíveis perdas estão espécimes de aracnídeos de Rondônia, catalogadas por mais de 20 anos de pesquisas.
Em entrevista ao G1 Rondônia, o biólogo e pesquisador Flávio Terrassini ressalta que entre os exemplares encontrados no estado, que foram cedidos ao Museu, estavam aranhas, escorpiões, lacraias e carrapatos, e entre as espécies raras estão as Carios rondoniensis que só foram encontradas em cavernas de Porto Velho.
Ainda segundo o biólogo, essa não é a primeira perda histórica de Rondônia, pois em um incêndio que ocorreu em 2010, no instituto Butantan, foram perdidas mais de 10 mil aracnídeos que foram cedidos pelo estado, além de mais de 200 bichos.
Além das peças rondonienses, no Museu ainda era possível encontrar vestígios das histórias do amazonenses, como peças do povo ‘Tikuna’ coletadas ainda no século XIX, além de exposições sobre a etnologia indígena.
Do Pará, o Museu Nacional conservava uma coleção de peças marajoaras, escavadas por Ferreira Pena. Vestígios da cultura pré-colombiana e peruana também eram encontrados no Museu Nacional.
