Tonantins foi palco de conflitos entre Portugal e Espanha por causa do Tratado das Tordesilhas
O primeiro vilarejo de Tonantins se formou com a vinda o missionário carmelita Frei Matias Diniz, sendo habitado por índios Caiuvicenas que foi assassinado pelos próprios índios da aldeia, chamado de Tonantins velho onde hoje é conhecido como bairro de São Francisco.
As origens do município remontam a 1754 quando os espanhóis percorriam a parte oeste do Amazonas, o que preocupou o governo português. No rio Içá, com ajuda dos franciscanos, já haviam fundado aldeias e tentaram a criação de um forte na boca do Rio Solimões. O rio pertencia à Espanha, pelo Tratado de Madri, mas os espanhóis queriam a qualquer custo reconquistar as posições perdidas no Tratado de 1750.
Em 1813, ao lado da antiga vila de Tonantins (Tonantins Velha), forma-se a vila Nova de Tonantins, que se transforma no núcleo polarizador do desenvolvimento do distrito.
Distante de Manaus a 849 km de Manaus, é uma pacata cidade com um pouco mais de 17 mil habitantes. Banhada pelo rio Solimões, Tonantins tem em sua economia a produção de carne e de leite destinada ao consumo apenas local. A pesca é considerada como atividade de subsistência. Mas é na extração de madeira, castanha, borracha e gomas-não-elásticas que o município tem mais visibilidade.
