O nome da cidade é uma homenagem ao militar Gregório Thaumaturgo de Azevedo, que fundou a cidade de Cruzeiro do Sul e foi prefeito do Alto Juruá após a anexação do Acre ao Brasil
O município de Marechal Thaumaturgo originou-se do Seringal Minas Gerais, em terras ocupadas por seringueiros brasileiros, invasores de terras peruanas a partir de política expansionista financiada pelo Governo do Amazonas.
Com a formalização do Tratado de Petrópolis entre o Brasil e a Bolívia, ficou estabelecida a extensão do Acre e, portanto, do Brasil até as cabeceiras do rio Purus. Assim o território brasileiro adentrava-se em terras consideradas como pertencentes ao Peru até o nascedouro do rio Purus.
Assim, o Tratado de Petrópolis, assinado entre a Bolívia e o Brasil, também passou a definir os limites com o Peru, o que resultou em uma série de conflitos entre o Peru e seringueiros brasileiros no ano de 1904.
Somente em 28 de abril de 1992 foi criado o município de Marechal Thaumaturgo, a partir de um desmembramento do município de Cruzeiro do Sul.
A sede do município situa-se à margem esquerda do rio Juruá, na foz do rio Amônia. Os transportes fluvial e aéreo são os únicos meios de acesso a Marechal Thaumaturgo. O município possui uma forte dependência econômica com Cruzeiro do Sul, através do rio Juruá.
Sua economia é incipiente, baseada na agricultura de subsistência e na pecuária. Os agricultores da região costumam cultivar as praias dos rios Juruá, Amônia e Arara com feijão, macaxeira, batata-doce, amendoim e melancia. As atividades extrativistas (látex e açaí) estão praticamente extintas devido a inviabilidade econômica e social.
