Já nas capitais, o cenário foi um pouco diferente da apuração estadual. Manaus, Rio Branco, Boa Vista, Porto Velho, Cuiabá e Macapá elegeram Bolsonaro, assim como Belém e Palmas. Apenas São Luis, que teve a maioria dos votos para Haddad.
No Amazonas, mesmo com a vitória de Bolsonaro, Haddad foi o mais votado em 60 dos 62 municípios, o candidato do PSL ganhou em Apuí e Gaujará, no interior e em Manaus, maior colégio eleitoral do Estado.
No Amapá, Bolsonaro ganhou em Macapá e Santana, nos demais municípios, Haddad ganhou.
Em Rondônia, Bolsonaro ganhou em todos os municípios.
Em Roraima, apenas nos municípios de fronteira Normandia, Pacaraima, e Uiramutã, o candidato Haddad venceu, nos demais, Bolsonaro liderou.
No Pará, o cenário ficou dividido, mas a capital Belém elegeu Bolsonaro, no entanto, a maioria total do Estado foi para Haddad.
