Museu tem a missão catalogar e analisar a diversidade biológica e sociocultural da região amazônica
Desde sua fundação, em 1866, o Museu Paraense Emílio Goeldi concentra-se no estudo científico dos sistemas naturais e socioculturais da Amazônia, bem como na divulgação de conhecimentos e acervos relacionados à região. Também conhecido como o Museu da Amazônia, o Museu Goeldi tem a missão catalogar e analisar a diversidade biológica e sociocultural, tornando-a de conhecimento público, contribuindo para a formação da memória cultural e para o desenvolvimento regional.
O Museu Goeldi possui três bases físicas. A mais antiga foi instalada em 1895, numa área de 5,2 hectares, atualmente conhecida como Parque Zoobotânico. Fica no centro urbano de Belém e é o mais antigo do Brasil no seu gênero. Além de abrigar significativa mostra da fauna e flora amazônicas, o Parque concentra as atividades educativas do Museu, tal como um laboratório para aulas práticas. Recebe anualmente cerca de 200 mil visitantes.
Já nas imediações da cidade fica um Campus Pesquisa, com 12 hectares, inaugurado em 1980. O Museu conta também com a Estação Científica Ferreira Penna, inaugurada em 1993, em 33 mil hectares da Floresta Nacional de Caxiuanã. Destina-se à pesquisa e ações de desenvolvimento comunitário nas diversas áreas do conhecimento.