O nome do município surgiu em homenagem a uma ave da fauna amazônica, o cujubi.
O povoado surgiu como Núcleo Urbano de Apoio Rural (NUAR) do Projeto de Colonização Cujubim. Seu nome é em homenagem a uma ave da fauna amazônica, muito comum nas selvas de Rondônia.
O município de Cujubim foi criado em 1994 e instalado em 1995.
Formação Administrativa
O município de Cujubim foi criado em 22 de junho de 1994, através da Lei nº 568, com áreas desmembradas dos municípios de Rio Crespo e Jamari. Sede no atual distrito Cujubim (ex-localidade do município de Rio Crespo). Constituído do distrito sede. Instalado em 20-05-1995.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.
