A UFAM é o terceiro maior fragmento florestal do mundo e o maior do Brasil, segundo a instituição. No meio da capital do Amazonas, a área verde tem um universo de biodiversidade que é desconhecida por grande parte da população manauara.
Em 2012 foi criada através do Decreto nº 1.503 de 27/03/2012, a area de proteção ambiental (APA) da UFAM, localizada na zona Centro-sul da cidade de Manaus, abrangendo 759,15 hectares. E é formada pelos fragmentos florestais do INPA, UFAM, ULBRA, Parque Lagoa do Japiim e área verde do Conjunto Acariquara.
A APA UFAM é cercada por diversos bairros, que têm ocupação datada da década de 70, provenientes, na sua maioria de ocupações desordenadas. Estas áreas servem de abrigo para diversas espécies da fauna e da flora locais.
Uma questão importante com a criação desta APA foi de conferir status de área protegida para a área abrangida pela UFAM, uma vez que, mesmo apresentando uma área representativa de vegetação, não possuía proteção determinada em um instrumento legal.
