Habitavam primitivamente a região os índios Pamaris, Catuquinas, Purupurus, Cucamas, Jamadis, Canamaris entre outros.
A cidade de Pauini localizada na região do Alto Purus, distante a 925 km de Manaus, sua geografia, está dividido em duas partes: cidade alta e cidade baixa. Para ter acesso a parte da alta do município, existe uma longa escada, com 186 degraus.
O município foi fundado anos após a colonização da região do Purus. As primeiras explorações ao longo do rio começaram em meados do século XIX, com um explorador identificado como João da Cunha Corrêa ( João Cametá). Em 1852, Tenreiro Aranha, o primeiro presidente da Província do Amazonas, enviou de Manaus uma expedição para explorar a região, com a finalidade de encontrar uma ligação com o rio Madeira, por meio das Campinas do Purus.
O primeiro núcleo populacional nessa região, no entanto, começou a ser implementado em 1854. Em 1869 começaram a chegar à região os nordestinos trazidos pelo coronel Antônio Rodrigues de Carvalho e Melo, estabelecendo-se estes na região onde atualmente está a cidade de Lábrea, em uma vasta extensão de terra, que depois foi desmembrada, formando os atuais territórios de Boca do Acre, Pauini, Tapauá e Canutama. O município de Pauini foi criado em 19.12.1955, pela lei estadual 96.
E falando em vias de acesso, para chegar à cidade existem somente dois meios, via fluvial ou aérea. Por via fluvial a viagem pode ser de lanchas e barcos e o trajeto pode durar até uma semana de Manaus até o local de chagada. Já por via aérea os chamados táxis aéreos são uma outra alternativa para chegar à região.
