Elevado à categoria de município em 1955, a história de Ipixuna está ligada à exploração do rio Juruá
A história do município de Ipixuna está intimamente ligada à exploração do rio Juruá e inicia em meados do século XIX, com a fixação de estrangeiros no território do atual município. O significado do nome do município veio do rio Ipixuna, um dos principais afluentes do Juruá.
Ipixuna, em língua indígena, significa água escura, denominação que lhe foi dada pelos índios Catuquinas, Curinas e Canamaus.
Em 1857, o explorador João da Cunha sobe o Juruá, até a foz do Juruá-Mirim, e em 1877, começam a correr as primeiras notícias de fixação de cearenses no rio Juruá. Em 1883, começa o povoamento de Riozinho, hoje no Centro de Ipixuna, por Arthur Marques de Menezes.
A localidade permanece assim até 1955, quando desmembrado do município de Eirunepé, é criado oficialmente o município de Ipixuna pela Lei Estadual no. 96, de 19 de dezembro de 1955.
A localidade permanece assim até 1955, quando desmembrado do município de Eirunepé, é criado oficialmente o município de Ipixuna pela Lei Estadual no. 96, de 19 de dezembro de 1955