Como ainda não possuem uma destinação específica definida por lei, as FPNDs são vulneráveis a ocupações ilegais e ao desmatamento, apesar de serem consideradas patrimônio.
Portaria publicada por MMA e MDA promove o uso sustentável dos recursos naturais com o intuito de contribuir com a manutenção da redução do desmatamento.
Elas somam uma área do tamanho da Espanha e estocam quase um ano de emissões globais de carbono. No entanto, ficam mais vulneráveis à grilagem e ao desmatamento ilegal.